Организация работ в АПЭК проектно ориентирована. Агентство использует многолетний опыт его топ-менеджеров в сфере общественных коммуникаций и СМИ, а также их публичную известность. АПЭК располагает долговременными неформальными системами коммуникаций в структурах власти, в том числе в регионах, а также в экспертном и медиа-сообществе, и постоянными экспертными сетями, в том числе региональными и отраслевыми.
Структура проектов Агентства диверсифицирована: от регулярных комплексных аналитических, избирательных, бизнес-проектов и политического консультирования до единовременных акций и исследований различного формата. Значительная часть проектов АПЭК, прежде всего исследовательских, осуществляется Агентством в инициативном порядке и финансируется за счет доходов от других видов деятельности.
В клиентском портфеле Агентства – крупные государственные компании, политические партии, представители бизнеса и бизнес-ассоциаций, частные лица.
Агентство обладает опытом оказания услуг в следующих сферах: федеральная политика, региональная политика, нефтяная промышленность, нефтепроводный транзит, газовая промышленность, металлургия, телекоммуникации, кредитно-финансовая система.